ルーン保有上限の500個って、もしかするとこれ以上拡張する予定はないのかもしれませんね・・。
MAXが300から500になったのっていつだっけ？
と過去記事を探してみたものの見つからず。
200から300に拡張されたのは2015年9月頃。500に拡張された時期はわかりませんでしたが、少なくても2016年3月には500になっていたようです。
拡張のきっかけになりそうだった案件は
・練磨・ジェム実装 → 2015年12月頃
・新ルーン実装（闘志など） → 2016年9月頃
の2つ。500に拡張されたのはレイド実装の頃だったかも？
今が2017年1月なので、約1年ほったらかし状態・・。
ググってたら公式アキーラたんがツイッターで
「鋭意対応中ですの！！！！(๑•̀ㅂ•́)و✧」
と2016年9月につぶやいてたのを見つけましたが、裏付けのないその場限りの適当発言としか思えないのは私だけ・・？
今後拡張はない。
という前提で考えないとダメかもしれませんね。。
ルーンについては
・要らないの売る
・使ってないの何かに付けて倉庫に放り込んでおく（スライムとかでOK）
で、特に後者でかなりの数を処理できますが（管理たいへんになりますけどね）、
練磨石とジェムはそうもいきません。
・新ルーンのは全て売る
で対応してる人も多いようですが、レアはとにかくヒーローはもったいないなー・・。
いや、入手機会は限られてるというか、良いの出来るまでがっつりクラフトする時まで実質要らないと言い切っていいとも思うんですけどね。ワールドボス報酬でぽろっと落ちたりとかほぼありえないし・・。
私は練磨ってレアMAXの+6で割と満足しちゃって、それ以上触らなかったりするほうなんですが、一通りヒーローMAXの+7にしてしまうつもりで、レア練磨は全部処分するくらいにしないと追いつかない、かな・・。
・・・って、これがむしろ普通なのかも・・？？？
極端な話、上限が仮に700～800になったとしても、やり方変えないと状況あんまり変わらないですもんね。。
いくつあっても足りないように感じる暴走と迅速あたりは別にして、他のはレア処分ということで。。